ประวัติความเป็นมา
ในระยะเริ่มต้นกองคลังเป็นส่วนราชการระดับงานในสังกัดกองกลาง สำนักงานอธิการบดี ทำการบริหารงานคลัง นับตั้งแต่ ปี พ.ศ. 2528 ที่สถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ ได้แยกตัวออกเป็นสถาบันอิสระโดยสมบูรณ์ต่อมาด้วยปริมาณงานที่เพิ่มขึ้นดังกล่าว ทำให้เกิดปัญหาความล่าช้าในการดำเนินงานและข้อจำกัดในเรื่องกำลังคน และเนื่องจากการบริหารงานตามระเบียบการเงินมีลักษณะเบ็ดเสร็จที่งานคลัง ซึ่งครอบคลุมตั้งแต่การคุมยอด การตรวจสอบเอกสารหลักฐานและการลงบัญชีตลอดจนการจ่ายเงินและรับเงิน ซึ่งสถาบันได้มีการจัดวางระบบงบประมาณ แบบแผนงานและได้พิจารณาปรับโครงสร้างองค์กร และปฏิรูประบบงานด้านการบริหารงานคลังเพื่อให้เกิดความคล่อง ตัวในการบริหารงาน ลดงานที่ซ้ำซ้อนบางลักษณะลงและเพื่อให้สอดคล้องกับการมีสถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้า พระนครเหนือ ปราจีนบุรี จึงมีความจำเป็นต้องปรับโครงสร้างการบริหารงานคลัง สถาบันจึงเสนอขอจัดตั้งกองคลัง ไว้ในแผนพัฒนาการศึกษาระดับอุดมศึกษาระยะที่ 8 (พ.ศ.2540 – พ.ศ. 2544) ซึ่งสภาสถาบันมีมติเห็นชอบ และให้เสนอการตั้งกองคลังต่อทบวงมหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 30 กรกฎาคม 2540 แต่เนื่องจากเศรษฐกิจของประเทศไทย กำลังอยู่ในภาวะชะลอตัว คณะรัฐมนตรีมีมติให้ระงับหรือชะลอการจัดตั้งหรือขยายหน่วยงาน และปัจจุบันได้รับ การบรรจุไว้ในแผน 9 (พ.ศ.2545 – 2549) ต่อมาในวันที่ 15 สิงหาคม 2544 สภาสถาบันได้อนุมัติจัดตั้งกองคลัง เป็นหน่วยงานภายในระดับกอง สังกัดสำนักงานอธิการบดี ซึ่งดำเนินงาน ตามวัตถุประสงค์ของการจัดตั้งกองคลัง เพื่อให้เกิดความคล่องตัวในการบริหารลดงานที่ซ้ำซ้อนกันบางลักษณะลงเพื่อรองรับการขยายตัวทั้งในปัจจุบันและอนาคต